Τα χημικά εμπόδια που σχετίζονται με την ανθρώπινη ανοσολογία είναι τα λιπαρά οξέα, οι πρωτεΐνες, οι σωματικές εκκρίσεις και άλλες ουσίες που βοηθούν την άμυνα του οργανισμού κατά της νόσου ή της μόλυνσης.
Οι ουσίες αυτές μπορεί να έχουν αντιμικροβιακές ιδιότητες, χαμηλό pH και χρησιμεύουν για την κατανομή ή αποσταθεροποίηση των βακτηριακών κυττάρων. Τα περισσότερα από αυτά τα εμπόδια δεν έχουν σχεδιαστεί ως πρωταρχική άμυνα του ανοσοποιητικού συστήματος, αλλά μάλλον έχουν τέτοιες ιδιότητες ως δευτερεύουσα λειτουργία. Λίγα μόνο απ’ αυτά λειτουργούν ως αμυντικός μηχανισμός του ανοσοποιητικού.
Το ανθρώπινο σώμα έχει πολλά συστήματα για την υπεράσπιση πιθανών απειλών ή λοιμώξεων, που συμπεριλαμβάνουν την έμφυτη ή προσαρμοσμένη ανοσία, ενεργητικούς ή παθητικούς μηχανισμούς και ανατομικά, χυμικά (από τους χυμούς του σώματος) ή κυτταρικά εμπόδια. Όσον αφορά την κατηγοριοποίηση χημικών φραγμάτων, τέτοιοι μηχανισμοί είναι έμφυτοι, παθητικοί και ανήκουν στην κατηγορία των ανατομικών εμποδίων (φραγμάτων).
Ως μέρος του έμφυτου ανοσοποιητικού συστήματος, υπάρχουν εμπόδια που είναι ενσωματωμένα στον οργανισμό ήδη από τη γέννηση. Με άλλα λόγια το σώμα δεν χρειάζεται να προσαρμόσει το ανοσοποιητικό σύστημα για να χρησιμοποιήσει αυτά τα εμπόδια για την καταπολέμηση των λοιμώξεων, επειδή αυτά υπάρχουν ήδη από την πρώτη μέρα που ο άνθρωπος έρχεται στη ζωή. Η κατηγοριοποίηση των χημικών φραγμάτων ως παθητικά, υποδηλώνει πως βοηθούν το ανοσοποιητικό σύστημα ως μία δευτερεύουσα λειτουργία. Τα ανατομικά εμπόδια είναι παρόντα έξω από τους ιστούς του σώματος και όχι σε κυτταρικό επίπεδο.
Οι πρωτεΐνες, τα λιπαρά, οι εκκρίσεις (σάλιο, ιδρώτας, δάκρυα), και τα ένζυμα που συνθέτουν τα χημικά φράγματα, παράγονται για την εκτέλεση ειδικών πρωταρχικών καθηκόντων ως μέρος κανονικής ή ακούσιας σωματικής λειτουργίας. Για παράδειγμα, ο οργανισμός παράγει τον ιδρώτα ως μέρος του φυσικού συστήματος ψύξης του οργανισμού. Η εφίδρωση είναι επίσης ένα παθητικό φράγμα – εμπόδιο για το ανθρώπινο ανοσοποιητικό σύστημα, επειδή το χαμηλό pH του αναστέλλει την ανάπτυξη βακτηριδίων.
Άλλες άμυνες περιλαμβάνουν τα σάλιο, τα δάκρυα και τις ρινικές εκκρίσεις. Αυτές οι ουσίες περιέχουν λυσοζύμη και φωσφολιπάση, ουσίες που σπάνε με φυσικό τρόπο το εξωτερικό τοίχωμα των κυτταρικών μεμβρανών των βακτηριακών κυττάρων. Πρωταρχικός στόχος του σάλιου είναι να βοηθήσει την πέψη, ενώ σκοπός των δακρύων και των ρινικών εκκρίσεων είναι να βοηθήσουν να ξεπλυθούν οι ξένες ουσίες και να κρατηθούν οι κυτταρικές μεμβράνες του σώματος υγιείς. Το γεγονός ότι αυτές οι χημικές ουσίες έχουν επίσης αρνητική επίδραση στα βακτήρια που απειλούν το σώμα είναι μια παρενέργεια της πρωτοβάθμιας λειτουργίας τους.
Τα εσωτερικά χημικά φράγματα προστατεύουν επίσης από τη μόλυνση που μπορεί να προκαλέσουν τα βακτήρια ή άλλες απειλές όταν εισβάλλουν στα εσωτερικά συστήματα ή όργανα του σώματος. Οι πρωτεΐνες στους πνεύμονες και τη γαστρεντερική οδό που είναι γνωστές ως αμυντίνες, έχουν αντιμικροβιακές ιδιότητες που σκοτώνουν ορισμένα είδη βακτηρίων.
Άλλες γαστρεντερικές ουσίες μάχονται τα λοιμώδη κύτταρα στα θρεπτικά συστατικά ή επιτίθενται στα κυτταρικά τοιχώματα, θανατώνοντας ή αποβάλλοντας τις επιβλαβείς για τα κύτταρα ουσίες. Όπως και τα λιπαρά οξέα στον ιδρώτα, έτσι και τα γαστρεντερικά χημικά έχουν επίσης χαμηλό pH, που αναστέλλει την περαιτέρω ανάπτυξη των επιβλαβών βακτηρίων στο εσωτερικό του σώματος.